Bei der Genom-Diagnostik werden neben allen kodierenden Bereichen, im Vergleich zur Exom-Diagnostik, auch die nicht kodierenden Bereiche der menschlichen DNA erfasst. Hierbei ist die Unterscheidung zwischen Short-Read-Sequenzierung und Long-Read-Sequenzierung von entscheidender Bedeutung ist.

Bei Short-Read-Sequenzierung werden die DNA-Fragmente, genauso wie aktuell bei der Exom-Diagnostik, methodisch bedingt in kleine Teile geschnitten, bevor sie parallel mittels Next-Generation-Sequencing (NGS) in einem Arbeitsschritt untersucht werden. Dies kann bei bestimmten genomischen Bereichen in der bioinformatischen Zuordnung der Fragmente zum Referenz-Genom zu Problemen führen. Die Long-Read-Sequenzierung zeichnet sich im Vergleich zur Short-Read-Sequenzierung durch die Erfassung längerer DNA-Fragmente aus. Diese Methode bietet entscheidende Vorteile, insbesondere bei Detektion von Repeat-Erkrankungen (z. B. Spinozerebelläre Ataxie, etc.), der Analyse von homologen Bereichen (z. B. Lynch-Syndrom – PMS2, etc.) und der Entdeckung struktureller Varianten. Außerdem wird zusätzlich meist eine Methylierungssignatur miterfasst, die bei der Aufklärung von Imprinting-Erkrankungen hinsichtlich epigenetischer Fragestellungen hilfreich sein kann.

Langfristig wird die Genom-Sequenzierung die Exom-Sequenzierung in der Routinediagnostik ersetzen. Welche der beiden Genom-Sequenzierungs-Methoden sich letztlich für die Patientenversorgung besser eignet, ist derzeit noch nicht abzusehen. Aktuell ist die Genom-Sequenzierung noch nicht als Regelleistung in Deutschland verfügbar und wird hauptsächlich im Forschungskontext durchgeführt.

Die Long-Read-Sequenzierung findet bei speziellen Fragestellungen bereits Anwendung am genetikum. Bei Fragen zum Thema, wenden Sie sich bitte an info@genetikum.de